La più remota memoria di Celle appare in un diploma dell'Imperatore Enrico II, col quale viene confermata nel 1014 la donazione che alcuni signori del Piemonte, della Lombardia e della Liguria avevano fatto al monastero di S. Benigno in Fruttuaria "in loco et fundo Cellae": erano alcune terre donate dai marchesi aleramici, prima del 1014, al monastero. 

La vita di Celle ha in tutto il medioevo vicende comuni ai paesi limitrofi di Varazze ed Albisola, fino a quando l'antica Marca Aleramica, nella quale queste terre erano comprese si frammenta in vari domini, per via di successive ripartizioni. La famiglia di Ugo, pronipote di Aleramo I è quella che riceve la parte orientale e meridionale dell'antico stato, nella quale era situata la regione fra l'appennino e il mare a levante di Savona. I documenti del XII secolo ricordano il predominio dei marchesi di Ponzone, che dura su Celle quasi due secoli, contrastato da Genova e da Savona, poi quello dei Malocelli e dei Doria, famiglie consolari genovesi, strette con i Ponzone da legami di parentela. La signoria dei Malocelli risale all'inizio del XIII secolo, mentre quella dei Doria inizia col ramo di Oberto, Capitano del popolo di Genova, il vincitore della Meloria, signore di Loano e di Dolceacqua, e prosegue per quasi tutto il XIV secolo con i suoi discendenti.

A queste signorie segue il dominio di Genova, che voleva aumentare, con l'annessione di feudi, la sua forza e la sua potenza. Già nel 1290 Giacomo e Bonifacio Malocelli avevano venduto per 3.250 lire la loro signoria in Varazze, Celle ed Albisola al Comune di Genova. Con la convenzione del 1343 il doge Simon Boccanegra ed il suo consiglio dei quindici sapienti anziani, concedevano che i paesi di Varazze, Celle ed Albisola, si unissero in una podesteria, sotto il governo di un podestà nominato annualmente dal Comune di Genova. Esso risiedeva a Varazze e doveva visitare i territori di Celle e Albisola il più sovente possibile per mantenere l'ordine e le più antiche e buone consuetudini. Tra le altre concessioni era importante quella che lasciava alle tre comunità la possibilità di amministrare da sole i propri beni, attraverso Statuti Municipali. Celle li ha dal 1414 (il Negrin) e in comune si conserva ancora un libro in pergamena, però di data posteriore di circa un secolo, nel quale stanno scritti i capitoli e le modificazioni successive fatte dal popolo. Il governo popolare era completo e da quel tempo dura fino al 1798, alla caduta cioè della Repubblica di Genova. Sempre nel 1414, il 21 di luglio, in una casa posta nella vallata di Pecorile nasce Francesco della Rovere, diventato Papa col nome di Sisto IV. Nel 1535 Pietro Buonacorsi detto Perino del Vaga, discepolo del Raffaello, che da qualche anno viveva a Genova presso il principe Doria, impegnato negli affreschi del palazzo, su commissione dei pescatori di Celle dipinge il polittico raffigurante San Michele, conservato con tanta cura nella chiesa dedicata all'Arcangelo.

Nel XVI secolo l'inasprimento della pirateria barbaresca, impone nuove misure difensive e, con la consulenza genovese, Celle si dota di due fortificazioni sul mare: uno alla marina, nel bel mezzo del piazzale del molo (l'attuale piazza del Popolo), l'altra sul poggio a levante dell'attuale Chiesa della Consolazione. Il 24 luglio 1629 "li Magnifici Consiglieri congregati nella sala del Comune" danno ordine di cominciare la costruzione della Chiesa Parrocchiale di San Michele, nel luogo stesso dove si trovava l'antica chiesa medioevale, di cui si è conservato il campanile. La nuova chiesa viene consacrata l'8 ottobre 1645 dal reverendo Francesco Spinola, Vescovo di Savona. Sempre nello stesso anno, e precisamente il 28 agosto il generale parlamento propone di fabbricare due mulini a vento, di uno dei quali si conservano i ruderi.

È nel XVII e XVIII secolo che la popolazione trova condizioni economiche favorevoli, grazie ad una prospera attività nella navigazione e nel commercio con Francia, Spagna, ed America. Grazie all'attività dei suoi marinai e dei suoi mercanti, Celle diventa uno de più ricchi ed attivi paesi della riviera occidentale. Con la costruzione della ferrovia, il cui primo convoglio transita il 19 maggio 1868 ha fine il piccolo commercio, mentre la chiusura della spiaggia col muraglione influisce negativamente sulle residue attività portuali e cantieristiche. Si apre per Celle una nuova stagione basata sullo sfruttamento delle proprie risorse naturali: sole, mare, spiaggia ed il bel borgo, con le sue case poggiate l'una all'altra, bellissime nei colori resi tenui dal tempo e dal salino. I vacanzieri estivi nel 1894 risultano 38 e le presenze 1608 con una permanenza media di 42 giorni, dati che nel l'anno seguente sono già triplicati...